Заместитель директора Государственной комиссии по делам религий Киргизии Закир Чотаев заявил, что в стране насчитывается около 300 мечетей, не прошедших процедуру регистрации. Об этом 25 сентября сообщило радио «Азаттык».
«По закону такие мечети не имеют права проводить деятельность, но, по нашей информации, некоторые мечети все-таки функционируют. Со своей стороны мы проводим мониторинг», — рассказал Чотаев. Также он сообщил, что в Киргизии сейчас работают 2 тысячи 669 зарегистрированных мечетей.
В Киргизии уровень религиозной свободы оценивается как самый высокий среди стран Центральной Азии. С начала 2000-х годов популярность обретают малые религиозные организации, иногда имеющие признаки сект. Большинство из них опирается на учение ислама, однако их последователи подчиняются собственным лидерам, а не Духовному управлению мусульман Кыргызстана.
Например, известность обрело движение «Йакын Инкар», последователи которого пытаются приблизить свой быт к условиям, существовавшим во времена пророка Мухаммеда. Нарекания общественности вызывает отказ членов этого движения отдавать детей в школы. Несмотря на запрет организации и арест лидера, последователи «Йакын Инкар» продолжают жить в соответствии со своими убеждениями. Летом 2018 года сообщалось об обнаружении в Джети-Огузском районе Иссык-Кульской области мечети «Йакын Инкар».
Осенью 2018 года президент Сооронбай Жээнбеков заявил, что отношение государства к религии необходимо пересмотреть. Он подчеркнул, что речь не о вмешательстве в вероисповедание конкретных людей, но о выстраивании более совершенной системы взаимодействия властей и религиозных конфессий.